Le but est, dans un duel, de réduire les points de vie de son adversaire à 0 (on commence avec 8 000 points), parfois dans une limite de temps impartie. Si un joueur ne peut pas piocher de carte au début de son tour, il perd également le duel.

Dans les tournois officiels, un joueur est déclaré gagnant lorsqu'il a gagné un match, i.e. qu'il a été le premier à remporter deux duels selon les règles énoncées ci-dessus. Exception : certaines cartes permettent de gagner le match en ne gagnant qu'un duel, mais celles-ci ne sont pas sorties en français, et sont, pour la plupart, interdites en tournoi officiel.
Depuis septembre 2007, Upperdeck Entertainment a rajouté des règles officielles pour le Tag Duel (duels à 2 contre 2).